Ursprüngliches Gründungsdatum des Vereins ist der 15. Dezember 1949. An diesem Tag gründete die Deutsche Reichsbahn Waren ihre „Betriebssportgemeinschaft Lokomotive Waren“. Später wurde neben der Deutschen Reichsbahn Waren auch das Möllenhagener Betonwerk Rethwisch weiterer Trägerbetrieb der BSG, sodass aus der "BSG Lokomotive Waren" die "BSG Lokomotive Waren/Rethwisch" wurde.

Zu DDR-Zeiten war der Verein mit mehr als 1.000 Vereinsmitgliedern, die in 13 Sektionen ihren Sport trieben, die größte Betriebssportgemeinschaft im ehemaligen Bezirk Neubrandenburg und zugleich ein Leistungsträger im Bezirksmaßstab. International erfolgreiche Sportler wie die Leichtathleten Erwin Gohlke, Thomas Schröder und Eckhard Trylus sowie der Gewichtheber-Weltmeister Senno Salzwedel und die Kugelstoß-Olympiasiegerin Astrid Kumbernuss haben ihren sportlichen Ursprung in dem Warener Sportverein. Die Fußballer der BSG Lokomotive Waren/Rethwisch spielten 1958 und 1961 bis 1963 in der II. DDR-Liga, der dritthöchsten Spielklasse im Deutschen Fußballverband der DDR, die damaligen Kegler wurden 3x DDR-Mannschaftsmeister. Kurt Rußbüldt (mehrfacher Landesmeister über 100 m und 200 m sowie im Weitsprung), Götz-Peter Lohmann (DDR-Crossmeister und DDR-Meister über 1.500 m), die DDR-Kegel-Meisterinnen Grete Godau, Hella Leetz und Christel Maltzahn sowie die erfolgreichen Boxer Wilfried Uigschies, Siegfried und Eckhard Dau, Bodo und Andreas Krüger, Detlef Kusch, René Nicolovius und Wolf-Dieter Wittmann sind nur Einige, die zu den sportlichen Erfolgen des Vereins in dieser Zeit beitrugen.

Bedingt durch die mit der Wiedervereinigung einhergehenden gesellschaftlich politischen Veränderungen im Land blieb die Deutsche Reichsbahn zunächst Trägerbetrieb des Vereins. Das Möllenhagener Betonwerk Rethwisch zog sich als Trägerbetrieb jedoch zurück. Aus diesem Grund wurde am 15. Juni 1990 aus der "BSG Lokomotive Waren/Rethwisch" der heutige "Eisenbahner-Sportverein Waren e.V.". Das Engagement der Deutschen Reichsbahn endete durch Übernahme des Unternehmens am 31.12.1993. Seitdem wird der Verein eigenständig, ohne Trägerbetrieb, geführt. Erster Vereinsvorsitzender war von 1949 bis 1972 Walter Oldenburg. Ihm folgte als zweiter Vereinsvorsitzender Fritz Pohle von 1972 bis 1990. Der dritte Vereinsvorsitzende des Vereins war Wolfgang Nicolovius, der von 1990 bis 2022 die Geschäfte des Vereins leitete. Aufgrund seiner besonderen Verdienste wurde Wolfgang Nicolovius durch die Mitgliederversammlung zum Ehrenvorsitzenden und Ehrenmitglied des Vereines ernannt. Weitere Ehrenmitglieder des ESV Waren e.V. sind Grete Jungnitsch, Edith Kade und René Nicolovius.

Der ESV Waren ist ein Universalsportverein geblieben. Die Anzahl der Sektionen auf neun reduziert, liegt das Augenmerk nun auf ein freizeitorientiertes Sportangebot für die ganze Familie. Wettkampforientierter Sport wird aber noch in den Sektionen Boxen, Gewichtheben/Kraftsport/Drachenbootsport und Schach betrieben. Vorbildlich in allen Bereichen wurde der Verein von der Stadt Waren (Müritz) seit 1990 schon mehr als 10 mal als "Bester Verein der Stadt" ausgezeichnet.